El programa de Maestría en Ecología es un programa de educación de postgrado a tiempo completo que requiere a los estudiantes a dedicar todo su tiempo al estudio y la investigación. La Alianza concede becas a los (12) estudiantes de EM en la Especialización en Estudios Amazónicos. La beca consistió en un estipendio mensual de ayuda a los estudiantes para que puedan dedicarse a los estudios a tiempo completo.
El programa de Maestría consta de cuatro semestres:
• En el primer semestre los estudiantes de posgrado cursaron clases básicas en ciencia ecológica, que proporcionan un fondo para los cursos especializados en el Amazonas posteriores. Estos cursos proporcionan las capacidades para la investigación y la aplicación a los estudios en el desarrollo sostenible, e incluyen: Bioestadística y Técnicas de Campo, dictado por PhD. Carlos Valle, Evolución dictado por PhD. Carlos Valle y PhD. Stella de la Torre, y Ecología Tropica dictado por PhD. Esteban Suárez.
• Durante el segundo semestre, los estudiantes toman cursos para la Especialización en Estudios Amazónicos. para más información referirse al link de Certificación en Estudios Amazonicos.
• El tercer y cuarto semestres están dedicados a la aplicación de la investigación de campo en la Amazonía y la finalización y presentación de la tesis de maestría.

Adicionalmente se entregó a los estudiantes del programa becas de investigación, con el objetivo de facilitar el desarrollo de la investigación de tesis de MS en la Amazonía ecuatoriana.